亞冠二級聯賽將繼續沿用上賽季賽制，和改制前的亞冠聯賽類似，東西亞區共32支球隊將被分入8個小組進行主客場雙循環比賽，每組前兩名將晉級淘汰賽。

東西亞區仍將分開抽簽，每個小組將會分別有一支來自本區域1號、2號、3號、4號種子的球隊，北京國安和曼谷聯、大阪鋼巴、浦項鐵人同為1號種子球隊，因此他們將不會分在同一小組。同時，抽簽時還將遵循同協會回避的原則，即來自同一協會的球隊將不會分在同一小組。

新賽季的亞冠二級聯賽小組賽將分別在9月16-18日、9月30-10月2日、10月21-23日、11月4-6日、12月10-11日（西亞區12月23-24日）舉行。